През 2017 г. като служебен министър на здравеопазването в кабинета "Герджиков" прокуратурата обвини Илко Семерджиев, че като министър е заплашвал по телефона с уволнение изпълнителката директорка на агенцията по лекарствата Асена Стоименова, защото е отказала да назначи, посочен от него човек за свой заместник заради конфликт на интереси.
През 2018 г. Софийският градски съд го оправда на първа инстанция, а година по-късно и апелативният съд потвърди решението. Според магистратите не само че в случая не е имало заплашване, но и въпросният "кандидат" за назначаване не е бил в конфликт на интереси, както твърдеше прокуратурата.
Peшeниeтo нe e oĸoнчaтeлнo и може да се обжалва пpeд aпeлaтивния cъд.