Ненчев беше обвинен, че през 2015 г. е скрил действащ договор за ремонт на изтребителите МИГ-29 с руската корпорация РСК-МИГ и е започнал преговори с Полша. Така поставил в риск българската авиация и нанесъл на държавата огромни щети.
Николай Ненчев твърди, че договорът за ремонт на самолетните двигатели с Полша е бил по-изгоден за България, а причина за повдигнатото му обвинение са нарушените руски финансови интереси.
Съдът прецени, че със спирането на договора не са нанесени щети на руската компания МиГ, а има пропуснати ползи, което не е престъпление.
"Делото срещу мен е фарс. Не се безпокоя толкова за себе си, колкото за съдебната система в България. Обвиняват ме за това, че съм бил ощетил чужда компания. Това просто е фарс. Да, вярно е, ощетил съм я, но съм го направил за сметка на българските граждани. Какво съм направил? Спестил съм над 6 милиона на българския народ и съм сключил по-добри срокове и по-добра гаранция по споразумението. Освен това търсех най-доброто за българските военнослужещи. Така че не ме интересува доколко съм ощетил някаква чужда компания'', коментира преди време Ненчев по повод делото.
Припомняме, че по делото в Софийския военен съд за фирма "Интендантско обслужване" и за дрехите на армията Ненчев също беше оправдан на първа инстанция.
Ненчев беше начело на Министерството на отбраната във второто правителство на Бойко Борисов.