Представителят на Следствения комитет на Русия Владимир Марков каза, че Ходорковски е обвинен в „организация на убийство и на отвличане за убийство на две и повече лица“.
Според следствието олигархът в качеството си на съсобственик на петролната компания ЮКОС е възложил през 1998-1999 г. на своите подчинени Невзлин и Пичугин, а също и на други лица, да убият кмета на Нефтеюганск Петухов и бизнесмена Рибин.
През 2003 г. Ходорковски бе арестуван, а после осъден на дълги години затвор заради безстопанственост и укриване на данъци. По това време той се смяташе за един от най-богатите хора в Русия с лично състояние от 15 млрд. долара.
Президентът Путин, който бе възприеман от Ходорковски като политически противник, го помилва въз основа на негова молба за „освобождаване по семейни причини“ след прекарани 10 години зад решетките и в поправителна колония.
Олигархът така и не се призна за виновен, но при освобождаването си заяви, че няма политически амбиции. Година по-късно той каза в Париж, че се стреми към президентския пост, за да извърши промени в конституцията на Русия.
В момента неговото състояние се оценява на 100 млн. долара, като е регистрирал в Женева няколко фирми на свое име.