Жени Начева застана начело на НЗОК през февруари 2010 г., след като кандидатурата й беше издигната от парламентарната група на ГЕРБ. Тогава тя замени на поста Румяна Тодорова, която подаде оставка още през ноември 2009 г., след като новата власт я обвини, че безобразно е управлявала здравната каса, че тя е в лошо финансово състояние и че НЗОК е източвана.
През април 2010 г. тогавашните управляващи от ГЕРБ предложиха и избраха за директор на касата Нели Нешева, която смени на поста Жени Начева. Тя пък заемаше този пост по-малко от три месеца, тъй като преди това беше отстранена временно от прокуратурата, след като ѝ бяха повдигнати две обвинения - първото е за това, че в качеството си на шеф на Дирекция "Бюджет и финансови параметри" на НЗОК Начева е превишила правата си и еднолично се е разпоредила да бъде извършена корекция в бюджета на РЗОК - Сливен и от това са настъпили вреди на НЗОК за 800 000 лв.
Освен това разследващите установиха, че тя неправомерно е разпоредила на директора на РЗОК - София-град да бъдат изплатени средства за извършена дейност над месечните лимити на „Токуда Болница София” АД. После Жени Начева бе върната на висша държавна длъжност в Министерството на финансите. През 2016-а г. тя стана заместник-министър на здравеопазването и председател на Надзорния съвет на НЗОК и бе такава през последните четири години управление на ГЕРБ.
Жени Начева с министъра на здравеопазването д-р Стефан Константинов в първото правителство на ГЕРБ
През юли 2021 г. КПКОНПИ обяви, че има данни за длъжностно престъпление, осъществено от бившия заместник-министър на здравеопазването Жени Начева. Оттам обясниха, че са разгледали сигнал от бивш управител на „Бул Био – НЦЗПБ“ за оказано му незаконно влияние и пряк натиск за подписване на неизгоден договор с чуждестранна адвокатска кантора.
През 2018-та правителството решава да прекрати дългосрочен договор за представителство и продажба на ваксини между българското предприятие и канадското дружество „Интервакс“. След процедура за подбор е сключен договор за правно обслужване с наше адвокатско дружество, на което е било възложено прекратяване на договора с „Интервакс“.
То е трябвало да осъществява и процесуално представителство при възникнали арбитражни спорове у нас и в чужбина. Въпреки това, според твърденията на бившия управител, от тогавашния заместник-министър на здравеопазването Жени Начева са му били изпратени данни за контакт с чужда правна фирма. Имало е и приложен проект на договор с нея със същия предмет. Според твърденията на управителя, този договор е бил на стойност не по-малко от 350 000 евро.
Ръководството на Министерство на здравеопазването е било информирано за вече сключения договор с българското адвокатско дружество за 48 000 лева, но въпреки това според управителя на „Бул Био – НЦЗПБ“ ЕООД в продължение на няколко месеца му е бил оказван натиск от заместник-министър Жени Начева да подпише договора с чуждата кантора, което той накрая направил именно в резултат на този натиск.
При проверката на КПКОНПИ не е открит оригинал на договора или официално регистриран негов екземпляр. Нито „Бул био“, нито Министерство на здравеопазването разполагат с него. В същото време е установено, че към чуждата правна фирма са извършвани плащания на основание договор за правно обслужване, открити са и фактури за това. Те са на стойности 28 891 евро, 2 675 евро, 2575 евро и 6 792 евро.
Служебният министър Стойчо Кацаров потвърди, че договор с чуждата правна кантора не е наличен и в министерството.
Комисията е изпратила всички материали по проверката на прокуратурата.
Жени Начева беше заместник-министър в Министерството на здравеопазването и председател на Надзорния съвет на НЗОК през целия последен мандат на ГЕРБ.