Евгений Бакърджиев е роден на 10 февруари 1955 година в София.
Завършил е Висшия институт по архитектура и строителство, специалност „Промишлено и гражданско строителство“, и до 1991 г. е бил проектант в различни предприятия, достигайки до поста началник на Конструктивен отдел в „Технострой – СП2“.
От 1991 до 1995 година Бакърджиев бе кметски наместник на район Изгрев към Столична община. През май 1995 година оглави СДС-София. От есента на същата година стана и председател на Столичния общински съвет.
Бакърджиев ръководеше предизборните кампании на Стефан Софиянски за кмет на София през 1995 година, на Петър Стоянов за президент през 1996 година. Бе и начело на Националния щаб на протестите и Националната стачка на Обединените демократични сили (ОДС) за сваляне правителството на Жан Виденов и БСП от власт. Председател на предизборния щаб на ОДС за парламентарните избори през 1997 година. Избран е за народен представител в 38-о и 39-о Народно събрание.
При съставянето на правителството на Иван Костов, Евгений Бакърджиев стана заместник министър-председател и министър на регионалното развитие и благоустройството. Ръководи преговорите с „Газпром“ за доставка и транзит на природен газ. Той инициира и ръководи разрушаването на мавзолея на Георги Димитров.
В края на 1999 г. бе освободен от кабинета по предложение на министър-председателя Иван Костов за структурни и персонални промени. През ноември 2001, след двете последователни изборни загуби на СДС през същата година, открито иска оставките на ръководството на СДС. Скоро след това е изключен от СДС и основава нова партия – Български демократичен съюз „Радикали“.
Постепенно Бакърджиев излезе от активната политика.